保健食品注册和备案在多个方面存在显著区别，具体如下：

一、定义与性质

1、保健食品注册：是指市场监督管理部门根据注册申请人申请，依照法定程序、条件和要求，对申请注册的保健食品的安全性、保健功能和质量可控性等相关申请材料进行系统评价和审评，并决定是否准予其注册的审批过程。

2、保健食品备案：是指保健食品生产企业依照法定程序、条件和要求，将表明产品安全性、保健功能和质量可控性的材料提交市场监督管理部门进行存档、公开、备查的过程。

二、监管机构

1、保健食品注册：由国家市场监督管理总局（或原国家药品监督管理局）负责，对申请注册的保健食品进行审批。

2、保健食品备案：由省、自治区、直辖市食品药品监督管理部门负责本行政区内的保健食品备案工作。

三、申报产品范畴

1、国产保健食品

• 备案：产品使用的原料应列入保健食品原料目录。

• 注册：使用保健食品原料目录以外的原料的产品。

2、进口保健食品

• 备案：首次进口的属于补充维生素、矿物质等营养物质的保健食品（即营养素补充剂）。

• 注册：除营养素补充剂外，其他首次进口的保健食品。

四、试验要求与卷宗要求

1、试验要求

• 注册：除了注册和备案均需要开展的试验外（如3批次产品的功效成分或标志性成分、卫生学、稳定性检验），注册需要额外开展多项试验，主要包括毒理学试验、动物功能试验和（或）人体试食试验等。

• 备案：由于从原料到产品的要求都是规范化、标准化的，因此无需开展注册所需的多项额外试验。

2、卷宗要求

• 注册：需要提交完整的产品研发报告。

• 备案：无需提交产品研发报告。

五、申报流程与周期

1、申报流程

• 注册：申报流程较为复杂，包括专家技术审评、动态核查（视技术审评情况，可能需要开展）等。

• 备案：申报流程相对简化，备案材料由省市场监督管理局（国产）或食品审评中心（进口）工作人员进行审查，无需专家技术审评、动态核查等。

2、申报周期

• 注册：整体申报周期较长，通常在2~3年左右。

• 备案：申报周期相对较短，一般在8~10个月左右。

综上所述，保健食品注册和备案在定义、监管机构、申报产品范畴、试验要求与卷宗要求以及申报流程与周期等方面均存在显著差异。注册制度更注重对新产品安全性和有效性的全面评估，而备案制度则更侧重于对已有规范原料和工艺的产品进行简化的管理。

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